2次解析

当社では、TCR/BCRレパトア一次解析データを元に統計解析やグラフ作成などを行う二次データ解析をオプションサービスとして提供しています。以下に事例をご紹介いたします。

Circos プロット

レパトアデータを円形のレイアウトで表示するcircos（サーコス）プロットはVJ遺伝子の関連を視覚化する際によく利用されます。それぞれのリンクは特定のVJ遺伝子の組み合わせとその存在頻度を示し、より太いリンクは存在頻度の高さを示しています。

クローントラッキング

特定のクローンの存在頻度を時系列にプロットします。CDR3配列で特定された個々のクローンの変動を調べ、外部刺激に対するレパトアの応答を検知できる可能性があります。

CDR3長解析

CDR3領域のアミノ酸配列の長さの分布をプロットします。通常、正規分布様のパターンになりますが、特定のクローンが増加した場合はピークの変化が見られます。検体毎のレパトアの特徴を評価する際に用いられます。

シーケンスロゴプロット

CDR3領域のアミノ酸配列のパターンを視覚的にわかりやすく表示します。クローン間や検体間で共通のアミノ酸モチーフを見つけるのに用いられます。

主成分解析

多変量解析の一手法で、オブジェクト間の類似性を2次元のチャートで表現する手法です。検体間の関係を点の布置で表現する手法で、似たものは近くに、異なったものは遠くに配置されます。検体間のレパトアの違いあるいは類似度をグラフィカルに表現する際に用いられます。

全長配列予測解析

特定のクローンについて、Fastqデータ（塩基配列データ）を再解析することでTCRおよびBCR遺伝子のV領域からC領域までの全長配列を予測します。クローンの全長塩基およびアミノ酸配列に加え、データベース上の参照配列と一致しない塩基およびアミノ酸変異を明らかにします。作成したハイブリドーマが産生する抗体の全長配列を知りたい時や、疾患特異的なTCRクローンの全長配列を知りたい時などに用いられます。